石蜡切片的优点在于可以容易的存放在室温，而冰冻切片比较麻烦，一定要存在-80度的低温冰箱中，尤其是用来做原位杂交的的切片，为了防止RNA降解，保存一贯很重要。冰冻切片的优点是能够较好的保存组织的抗原免疫活性，做免疫组化时不需抗原修复这一步。缺点是切片厚度较石蜡的厚，做的片子没石蜡的漂亮。
    冰冻切片由于抗原性保存比较好，所以容易出阳性结果，但是组织结构形态的保存没有石蜡切片佳，而且抗原容易弥散，不易观察抗原分布情况。石蜡切片由于处理的原因，抗原常被封闭甚至破坏，需要抗原修复步骤，而且不一定能修复成功。
   如何选择：
   要求做冰冻切片的不一定能做石蜡切片，因为作石蜡切片时要高温烤片，可能会破坏组织的抗原性，如果组织的抗原性较稳定，则可作石蜡切片；但是要求做石蜡切片的，一般可作冰冻切片。
   选择的时候最好同时看看所购抗体的说明书，看其适用于何种切片。若两种都适合，个人认为若染色的目的是为了看组织中有没有该抗原，可选用冰冻切片，若想了解具体的分布情况，可选择石蜡切片。   
   注意事项：
1. 修复后缓冲液须自然冷却，自来水冲洗后方能把切片取出，骤冷有可能导致结晶或抗原封闭。
2. 缓冲液的量必须保证所有切片都能浸泡到，用过的柠檬酸缓冲液不能反复使用。
3. 若试剂为微量浓缩液，用前应低速离心，将内盖和管壁附着的溶液离到底部。
4. 封片前一定要换用TBS充分洗涤，以便洗去组织上残留的Tween 20，否则会影响结果观察。
5. 如须复染细胞核，则在封片前复染或直接采用含有染核试剂的封片剂进行封片。
   备注：抗体本身不可能限定一定要用冰冻切片或者一定要用石蜡切片，但抗体对2种切片都能做，这个要根据老师的目的来选择。
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